Assassin's Creed Shadows, oyuncuların iki kahramanı arasından seçim yapmalarına izin verir: bir kadın shinobi olan Naoe ve tarihi bir Afrika samurayları Yasuke. Bu seçim, tek bir karaktere odaklanarak potansiyel olarak eksik içerikten endişe duyan hayranlar arasında tartışma yarattı.
Yaratıcı yönetmen Jonathan Dumont, oyunculara bir kahramana öncelik vermenin deneyimlerini önemli ölçüde etkilemeyeceğini garanti ediyor. Her karakter benzersiz açılış dizilerine ve kişisel hikayelere sahip olsa da, oyunun anlatısı oyuncunun seçimine uyum sağlar. Dumont'un kendisi her iki karakteri de oynar, genellikle bir seferde birkaç saat boyunca aralarında geçiş yapar. Bununla birlikte, oyuncuların önemli hikaye unsurlarını veya oyununu kaçırmaktan korkmadan tercih ettikleri kahramana odaklanmakta özgür olduklarını vurguluyor: "Çok fazla kaçıracağınıza inanmıyorum. Gerçekten kişisel oyun stilinize geliyor. 'Tamam, oyunun hangi karaktere seçtiğime göre nasıl ayarlandığını göreceğim.' Her kahramanın kendi benzersiz tanıtımları ve özel görevleri vardır, ancak temel deneyim favorinizi seçebilirsiniz.