Assassin's Creed Shadows pozwala graczom wybierać między dwoma bohaterami: Naoe, shinobi i Yasuke, historycznym afrykańskim samurajskim. Ten wybór wywołał dyskusję wśród fanów zainteresowanych potencjalnie brakującymi treścią, koncentrując się na jednej postaci.
Dyrektor kreatywny Jonathan Dumont zapewnia graczy, że priorytety jednego bohatera nie wpłynie znacząco na ich doświadczenie. Podczas gdy każda postać może pochwalić się unikalnymi sekwencjami otwierającymi i osobistymi historiami, narracja gry dostosowuje się do wyboru gracza. Sam Dumont gra obie postacie, często zmieniając się między nimi na kilka godzin. Podkreśla jednak, że gracze mogą skupić się na swoim preferowanym bohaterze bez obawy o brak kluczowych elementów historii lub rozgrywkę: „Nie sądzę, że bardzo tęsknisz. Każdy bohater ma swoje unikalne wprowadzenie i dedykowane linie, ale podstawowe doświadczenie jest elastyczne.
