Assassin's Creed Shadows permite a los jugadores elegir entre dos protagonistas: Naoe, una femenina shinobi, y Yasuke, un samurai africano histórico. Esta elección ha generado una discusión entre los fanáticos preocupados por el contenido potencialmente faltante al centrarse en un solo personaje.
El director creativo Jonathan Dumont asegura a los jugadores que priorizar a un protagonista no afectará significativamente su experiencia. Si bien cada personaje cuenta con secuencias de apertura únicas y historias personales, la narrativa del juego se adapta a la elección del jugador. El propio Dumont interpreta a ambos personajes, a menudo cambiando entre ellos durante varias horas a la vez. Sin embargo, enfatiza que los jugadores son libres de concentrarse en su protagonista preferido sin temor a perderse elementos de historia cruciales o juego: "No creo que se pierda mucho. Realmente se reduce a su estilo de juego personal. Puede pensar, 'Muy bien, veré cómo se ajusta el juego en función de qué personaje elijo'. Cada héroe tiene sus propias presentaciones únicas y líneas de búsqueda dedicadas, pero la experiencia principal es flexible.
