Assassin's Creed Shadows позволяет игрокам выбирать между двумя главными героями: Naoe, женщиной шиноби и Ясуке, исторического африканского самураев. Этот выбор вызвал обсуждение среди поклонников, обеспокоенных потенциально пропущенным контентом, сосредоточившись на одном персонаже.
Креативный директор Джонатан Дюмонт уверяет игроков, которые приоритеты одного главного героя не будут значительно повлиять на их опыт. В то время как каждый персонаж может похвастаться уникальными вступительными последовательностями и личными сюжетными линиями, повествование игры адаптируется к выбору игрока. Сам Дюмонт играет обоих персонажей, часто переключаясь между ними в течение нескольких часов за раз. Тем не менее, он подчеркивает, что игроки могут свободно сосредоточиться на своем предпочтительном главном герои, не опасаясь пропустить критические элементы истории или игровой процесс: «Я не верю, что вы многое упустите. У каждого героя есть свои уникальные введения и выделенные квестовые линии, но основной опыт гибкий.
