Assassin's Creed Shadows laten spelers kiezen tussen twee hoofdrolspelers: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai. Deze keuze heeft een discussie gegenereerd onder fans die zich zorgen maken over mogelijk missende inhoud door zich te concentreren op een enkel personage.
Creatief directeur Jonathan Dumont verzekert spelers dat het prioriteren van één hoofdrolspeler hun ervaring niet aanzienlijk zal beïnvloeden. Hoewel elk personage unieke openingssequenties en persoonlijke verhaallijnen beschikt, past het verhaal van de game zich aan aan de keuze van de speler. Dumont zelf speelt beide personages en schakelt vaak enkele uren achter elkaar tussen hen. Hij benadrukt echter dat spelers vrij zijn om zich te concentreren op hun favoriete hoofdrolspeler zonder angst om cruciale verhaalelementen of gameplay te missen: "Ik geloof niet dat je veel zult missen. Het komt echt neer op je persoonlijke speelstijl. Je zou kunnen denken: 'Oké, ik zal zien hoe de game aanpasst op basis van welk personage ik kies.' Elke held heeft zijn eigen unieke introducties en speciale questlines, maar de kernervaring is flexibel.
