Assassin Creed Shadows cho phép người chơi lựa chọn giữa hai nhân vật chính: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một Samurai châu Phi lịch sử. Sự lựa chọn này đã tạo ra cuộc thảo luận giữa những người hâm mộ quan tâm đến nội dung có khả năng bị thiếu bằng cách tập trung vào một nhân vật duy nhất.
Giám đốc sáng tạo Jonathan Dumont đảm bảo với người chơi rằng ưu tiên một nhân vật chính sẽ không ảnh hưởng đáng kể đến trải nghiệm của họ. Trong khi mỗi nhân vật tự hào có các chuỗi mở đầu và cốt truyện cá nhân duy nhất, câu chuyện của trò chơi thích nghi với sự lựa chọn của người chơi. Bản thân Dumont đóng vai cả hai nhân vật, thường chuyển đổi giữa họ trong vài giờ một lần. Tuy nhiên, anh ấy nhấn mạnh rằng người chơi có thể tự do tập trung vào nhân vật chính ưa thích của họ mà không sợ bỏ lỡ các yếu tố câu chuyện quan trọng hoặc trò chơi: "Tôi không tin rằng bạn sẽ bỏ lỡ rất nhiều. Nó thực sự thuộc về lối chơi cá nhân của bạn. Mỗi anh hùng có những lời giới thiệu độc đáo và các nhiệm vụ chuyên dụng, nhưng trải nghiệm cốt lõi là linh hoạt.
