Assassin's Creed Shadows permet aux joueurs de choisir entre deux protagonistes: Naoe, une femme Shinobi et Yasuke, un samouraï africain historique. Ce choix a généré une discussion parmi les fans préoccupés par le contenu potentiellement manquant en se concentrant sur un seul personnage.
Le directeur créatif Jonathan Dumont assure aux joueurs que la priorité à un protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Alors que chaque personnage possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit du jeu s'adapte au choix du joueur. Dumont lui-même joue les deux personnages, passant souvent entre eux pendant plusieurs heures à la fois. Cependant, il souligne que les joueurs sont libres de se concentrer sur leur protagoniste préféré sans craindre de manquer des éléments de l'histoire cruciale ou du gameplay: "Je ne crois pas que vous manquerez beaucoup. Chaque héros a ses propres introductions uniques et ses quêtes dédiées, mais l'expérience de base est flexible.
