刺客的信条阴影使玩家可以在两个主角之间进行选择：娜奥（Naoe），女性忍者和历史悠久的非洲武士Yasuke。这种选择通过关注单个角色来引起人们对潜在缺少内容的讨论。
创意总监乔纳森·杜蒙特（Jonathan Dumont）向玩家保证，优先考虑一个主角不会显着影响他们的经历。虽然每个角色都拥有独特的开头序列和个人故事情节，但游戏的叙述适应了玩家的选择。杜蒙本人扮演两个角色，通常一次在它们之间切换几个小时。但是，他强调玩家可以自由地专注于自己喜欢的主角，而不必担心缺少关键的故事元素或游戏玩法：“我不相信您会错过很多。这确实取决于您的个人游戏风格。您可能会认为，'好吧，我会看到游戏如何根据我选择的角色进行调整。”每个英雄都有自己的独特介绍和专用的任务线，但是核心体验是灵活的。
