Assassins Creed Shadows können die Spieler zwischen zwei Protagonisten wählen: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai. Diese Wahl hat unter Fans, die besorgt über potenziell fehlende Inhalte durch die Konzentration auf einen einzelnen Charakter, zu Diskussionen geführt werden.
Der Kreativdirektor Jonathan Dumont versichert den Spielern, dass die Priorisierung eines Protagonisten ihre Erfahrungen nicht wesentlich beeinflussen wird. Während jeder Charakter einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsstränge aufweist, passt sich die Erzählung des Spiels an die Wahl des Spielers an. Dumont selbst spielt beide Charaktere und wechselt oft mehrere Stunden zwischen ihnen. Er betont jedoch, dass sich die Spieler frei auf ihren bevorzugten Protagonisten konzentrieren können, ohne zu befürchten, wichtige Elemente oder Gameplays zu verpassen: "Ich glaube nicht, dass Sie viel verpassen werden. Es kommt wirklich auf Ihren persönlichen Playstyle an. Vielleicht denken Sie:„ In Ordnung, ich werde sehen, wie sich das Spiel anhand des von mir wählenden Charakters anpasst. ' Jeder Held hat seine eigenen einzigartigen Einführungen und dedizierten Questlinien, aber die Kernerfahrung ist flexibel.