刺客的信條陰影使玩家可以在兩個主角之間進行選擇：娜奧（Naoe），女性忍者和歷史悠久的非洲武士Yasuke。這種選擇通過關注單個角色來引起人們對潛在缺少內容的討論。
創意總監喬納森·杜蒙特（Jonathan Dumont）向玩家保證，優先考慮一個主角不會顯著影響他們的經歷。雖然每個角色都擁有獨特的開頭序列和個人故事情節，但遊戲的敘述適應了玩家的選擇。杜蒙本人扮演兩個角色，通常一次在它們之間切換幾個小時。但是，他強調玩家可以自由地專注於自己喜歡的主角，而不必擔心缺少關鍵的故事元素或遊戲玩法：“我不相信您會錯過很多。這確實取決於您的個人遊戲風格。您可能會認為，'好吧，我會看到遊戲如何根據我選擇的角色進行調整。”每個英雄都有自己的獨特介紹和專用的任務線，但是核心體驗是靈活的。
