हत्यारे की पंथ छाया खिलाड़ियों को दो नायक के बीच चयन करने देती है: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई। इस विकल्प ने एकल चरित्र पर ध्यान केंद्रित करके संभावित रूप से लापता सामग्री के बारे में संबंधित प्रशंसकों के बीच चर्चा उत्पन्न की है।
क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट खिलाड़ियों को आश्वस्त करते हैं कि एक नायक को प्राथमिकता देना उनके अनुभव को काफी प्रभावित नहीं करेगा। जबकि प्रत्येक चरित्र अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रमों और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन का दावा करता है, खेल की कथा खिलाड़ी की पसंद के लिए अनुकूल है। ड्यूमॉन्ट खुद दोनों पात्रों को निभाता है, अक्सर एक समय में कई घंटों के लिए उनके बीच स्विच करता है। हालांकि, वह इस बात पर जोर देता है कि खिलाड़ी महत्वपूर्ण कहानी तत्वों या गेमप्ले के डर के बिना अपने पसंदीदा नायक पर ध्यान केंद्रित करने के लिए स्वतंत्र हैं: "मुझे विश्वास नहीं है कि आप बहुत कुछ याद करेंगे। यह वास्तव में आपके व्यक्तिगत प्लेस्टाइल के लिए नीचे आता है। आप सोच सकते हैं, 'ठीक है, मैं देखूंगा कि खेल किस चरित्र के आधार पर समायोजित करता है।' प्रत्येक नायक का अपना अनूठा परिचय और समर्पित खोज है, लेकिन मुख्य अनुभव लचीला है।
