Assassin's Creed Shadows permite que os jogadores escolham entre dois protagonistas: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico. Essa escolha gerou discussão entre os fãs preocupados com o conteúdo potencialmente perdido, concentrando -se em um único personagem.
O diretor criativo Jonathan Dumont garante aos jogadores que priorizar um protagonista não afetará significativamente sua experiência. Enquanto cada personagem possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. O próprio Dumont interpreta os dois personagens, geralmente alternando entre eles por várias horas por vez. No entanto, ele enfatiza que os jogadores são livres para se concentrar em seu protagonista preferido, sem medo de perder elementos cruciais da história ou jogabilidade: "Não acredito que você perderá muito. Isso realmente se resume ao seu estilo de jogo pessoal. Cada herói tem suas próprias apresentações e linhas de missões dedicadas, mas a experiência principal é flexível.
