Assassin's Creed Shadows membolehkan pemain memilih antara dua protagonis: Naoe, seorang shinobi wanita, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah. Pilihan ini telah menghasilkan perbincangan di kalangan peminat yang berkenaan dengan kandungan yang berpotensi hilang dengan memberi tumpuan kepada satu watak.
Pengarah Kreatif Jonathan Dumont menjamin pemain yang mengutamakan satu protagonis tidak akan memberi kesan kepada pengalaman mereka. Walaupun setiap watak mempunyai urutan pembukaan yang unik dan jalan cerita peribadi, naratif permainan ini menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dumont sendiri memainkan kedua -dua watak, sering beralih di antara mereka selama beberapa jam pada satu masa. Walau bagaimanapun, beliau menekankan bahawa pemain bebas untuk memberi tumpuan kepada protagonis pilihan mereka tanpa takut kehilangan elemen cerita penting atau permainan: "Saya tidak percaya anda akan terlepas banyak, ia benar -benar datang ke playstyle peribadi anda. Setiap wira mempunyai perkenalan unik dan questlines yang berdedikasi, tetapi pengalaman teras adalah fleksibel.
